Clădirea comandamentului (principia) este situată la intersecția drumurilor principale din castru: via principalis și via praetoria, fiind cel mai important edificiu cercetat arheologic. Este unul din cele mai mari ansambluri construite din provincia Dacia și una dintre cele mai întinse clădiri de comandament din Imperiul Roman. De formă dreptunghiulară (125 x 72 m), cu suprafață de 0,89 ha, ocupă 3,80% din teritoriul castrului. Intrarea în complex se făcea la mijlocul laturii de răsărit, printr-un arc de triumf monumental, cu trei deschideri.

O curte vastă era înconjurată de portice din care se pătrundea în încăperile care închid principia spre nord și sud, câte 14 camere pe fiecare latură. În acestea se depozita armamentul. Încăperile care flancau intrarea serveau drept birouri dar și pentru depozitarea amforelor în care se aducea untdelemn din import. Spre vest, din curte se intra în basilica, o vastă sala (70 x 17 m) pentru adunări, prevăzută la ambele capete cu podiumuri (tribunalia). Întrgul complex se închidea spre vest cu un șir de încăperi. În mijloc se găsea sanctuarul castrului (aedes principiorum), în absida căruia stăteau stindardele legiunii. La subsolul sanctuarului se găsea camera de tezaur (aerarium), unde militarii își depozitau soldele. Sanctuarul era flancat de birourile legiunii. Cercetările arheologice din clădirea comandamentului au fost urmate de lucrări de conservare primară a ruinelor.

Surse bibliografice: M. Bărbulescu, Din istoria militară a Daciei romane. Legiunea V Macedonica și castrul de la Potaissa, Cluj-Napoca, 1987.